Część stron internetowych Muzeum Tolerancji Centrum Szymona Wiesenthala jest niedostępna. Przeciw treściom znajdującym się na nich protestował eurodeputowany PiS Marcin Libicki. Twierdził m.in., że widniały tam informacje przypisujące Polakom antysemityzm i sugerujące, iż ponoszą współodpowiedzialność za holokaust. Obecnie zamiast strony Multimedialnego Centrum Poznawczego , która jest elementem Muzeum Tolerancji, gdzie znajdowały się oprotestowane informacje, pojawia się komunikat, że są one czasowo niedostępne w związku z konserwacją i podniesieniem standardu serwisu.
Po doniesieniu Libickiego poznańska prokuratura wszczęła śledztwo w sprawie rzekomego znieważenia narodu polskiego i RP przez Centrum Szymona Wiesenthala. Według polskiego Kodeksu Karnego, za przestępstwo zarzucane Centrum Wiesenthala grozi kara do 3 lat więzienia.
Chodzi o dotyczącą Polski notatkę na internetowej stronie Centrum: „POLSKA: Położenie: republika w środkowo-wschodniej Europie. Obecność Żydów: od początku XI wieku. Populacja Żydów w 1939: 3.351.000. Los Żydów: wywiezieni do gett i deportowani do obozów śmierci. Około 2.982.000 zostało wymordowanych. 900 letni okres pobytu Żydów w Polsce dobiegł końca. Antysemityzm w Polsce trwa nadal”.
Z prośbą o sprostowanie podpisów pod zdjęciami w internetowym Muzeum Tolerancji w marcu występowało także Państwowe Muzeum Auschwitz-Birkenau. Na zdjęciu widać było uśmiechniętych mężczyzn w mundurach, stojących nad leżącym, poniżanym Żydem. Kilku z nich ma ciemne mundury. Podpis informował, że są to funkcjonariusze „polskiej 'granatowej policji'”, utworzonej przez nazistów. W innym miejscu to samo zdjęcie nosiło tytuł „Polska policja”. Rzecznik muzeum Jarosław Mensfelt powiedział wówczas, że mundury na zdjęciu nie należały do „granatowej policji”.
Dyrektor biura Centrum Szymona Wiesenthala w Jerozolimie Efraim Zuroff na początku listopada określił stawiane Centrum zarzuty jako „śmieszne”. Gdzie jest napisane, że to Polacy mordowali Żydów? Nie ma takiej informacji ani w tym miejscu (w notatce o Polsce – przyp. red.), ani w żadnym innym, że to Polacy mordowali Żydów – powiedział Zuroff. Pytany o informację na temat antysemityzmu stwierdził: oczywiście, że jest antysemityzm, antysemityzm jest w każdym kraju Europy. I dodał: nie sądzę, że jest to bardzo poważny problem w dzisiejszej Polsce, ale istnieje.
Zdaniem historyka Instytutu Pamięci Narodowej Andrzeja Żbikowskiego, informacje zamieszczone na stronach internetowych Centrum Szymona Wiesenthala „nie dają podstaw do formułowania” zarzutów o znieważaniu narodu polskiego i RP.
